亚马逊卖家在使用库存加载工具删除问题SKU时，需要注意以下操作步骤：
1. 登录亚马逊卖家中心，进入“库存管理”页面。
2. 找到需要删除的SKU所在的产品，点击进入该产品的详细页面。
3. 在产品详细页面中找到需要删除的SKU，点击“编辑”按钮。
4. 在编辑页面中，找到“删除SKU”选项，点击确认删除该SKU。
5. 确认删除后，系统会提示是否要删除该SKU，再次确认即可完成删除操作。
需要注意的是，在删除SKU之前，务必确认该SKU下没有任何库存，否则系统会提示无法删除。另外，在删除SKU后，相关的销售记录和报告也会相应删除，请谨慎操作。
